Overblog
Suivre ce blog Administration + Créer mon blog
31 octobre 2010 7 31 /10 /octobre /2010 12:50

 

PA203612PA203629 Au cours d’une sortie ornithologique au lac de Lescouroux en octobre 2010, j’ai été frappé de constater à quel  point les berges amont du lac principal étaient peuplées d’une espèce quasi unique, "la Lampourde glouteron ou à gros fruits" - Xanthium strumarium.
En cette saison le niveau des eaux est bas et, posté sur la digue amont, il est facile de constater l’étendue de la colonisation par X. strumarium. Non seulement les berges sont intensément exploitées par l’espèce qui élimine toute concurrence, mais le lit principal du lac en aval de la digue, il y a seulement peu, complètement immergé, est totalement recouvert d’un voile vert constitué exclusivement de lampourdes à petit développement mais déjà chargés de fruits. On pourrait y voir comme une réponse adaptative à la faible fenêtre temporelle autorisée par le recul intermittent des eaux. Seules font exception quelques poches inondées ici et là, où croissent quelques taxons aux préférences plus amphibies.
Cette espèce étant plutôt peu abondante en zone agricole, je suis suffisamment intrigué par sa forte densité pour chercher à en connaître la valeur et le mode de répartition spatiale à l’échelle de mon observation, c'est-à-dire une petite portion de berge représentative de l’ensemble.
Après avoir délimité une zone à forte densité, je réalise un échantillonnage aléatoire simple de 40 relevés de densité dans des quadrats de 2,30 m2 résumés dans le tableau 1.
La taille de l'échantillon est validée à postériori par la relation
 

Sans titre-10    U2(0,025) = 1,96 ; n = 40 ; μ = 96,5 ; σ = 37


qui fournit en outre une précision de l'estimation de la moyenne, k = 12% ; précision tout à fait satisfaisante dans les conditions de l'étude.
 

 

Effectif du quadrat

Nombre de quadrats

Effectif du quadrat

Nombre de quadrats

35

1

89

1

37

1

91

2

41

1

98

1

47

1

101

1

58

1

106

1

64

1

109

1

65

1

118

1

67

1

121

1

70

2

124

1

71

1

126

2

77

2

127

1

78

1

129

1

79

1

135

1

81

1

143

1

83

1

146

1

84

2

165

1

86

1

174

1

 

 

187

1

Tableau 1 – Nombre de Lampourdes relevées dans 40 quadrats de forte densité.

 

L'échantillon est représenté par la figure 1.

hist lampourdes origin 
Figure 1 – Histogramme de répartition des Lampourdes dans les quadrats (exp. : 10 quadrats ont des effectifs compris entre 60 et 80 plantes).

 


Par ailleurs, l’effectif moyen des quadrats est donné par
 

 Sans titre-1
avec n = nombre total de relevés, soit 40 ; ni = nombre de quadrats pour l’effectif xi,


et sa valeur est
96,5 plantes par quadrat.

La variabilité exprimée par la variance de l’échantillon est donnée par
 

Sans titre-2 

qui a pour valeur S2 = 1345,59 

les estimations de ces paramètres pour l’ensemble de la zone étudiée sont

μ = 96,5 lampourdes par quadrat et
 

 Sans titre-4 
soit 40 x 1345,59 / 39 = 1380,09


Ramené à l’hectare, le nombre moyen de lampourdes devient

μ = 96,5 x (10000/2,3) = 419 565 lampourdes / Ha

 

 

Indice de dispersion et modèle théorique. 

Bien qu’à forte densité la population de lampourdes sur cette zone semble être répartie de manière régulière, l’indice de dispersion indique plutôt une répartition en agrégats. En effet, pour
 

Sans titre-11 
I = 14,30


valeur évidemment supérieure à 1.
Cependant, pour confirmation on teste l’hypothèse nulle H0 : "la distribution des lampourdes est au hasard" (I = 1). On calcule alors la statistique I(n-1) = 14,3 x 39 = 557,7 qui suit approximativement une loi de Chi-2 à n-1 degrés de libertés (39 ddl). Cette valeur étant grande, on la compare au quantile de Chi-2 à n-1 ddl, (q(n-1; α/2), probabilités supérieures), en admettant de se tromper 1 fois sur 20 : α = 0,05.

q(39; 0,025) = 58,12

Ainsi, comme 557,7 > 58,12 on rejette l’hypothèse H0 au risque α car sous cette hypothèse, la probabilité de rencontrer une valeur aussi grande est inférieure à α/2 (en réalité, quasiment nulle). I est donc jugé supérieur à 1 et la distribution est en agrégats.

Afin de décrire cette distribution on retient le modèle binomial négatif BN(μ, k) où μ prend pour valeur 96,5 et la valeur de départ de k est donnée par la relation :


 indice k
soit : k = 96,52 / (1380,09 – 96,5) = 7,25.


En réalité à partir de cette valeur, k est calculé au maximum de vraisemblance en équilibrant la relation
 

Sans titre-7 


qui fournit k = 7,48 qui sera retenue pour la suite et le modèle binomial négatif théorique s’écrit BN(96,5 ; 7,48). L’estimation de k est obtenue avec une précision de 0,00016.

Cette valeur de k est supérieure à 5 et confirme ma première impression. Bien que le mode de dispersion de l’espèce soit en agrégats, la très forte densité observée sur les rives de Lescouroux est à l’origine d’une distribution plus aléatoire, plus régulière.

 

Ajustement au modèle théorique.

Il est intéressant de vérifier à quel point le modèle descriptif retenu "colle" aux observations de terrain. Pour ce faire, les quadrats sont regroupés en 9 classes d’amplitude 20 et les probabilités théoriques P(X=r) sont calculées pour chaque centre de classe (r) à l’aide de l’expression :
 

Sans titre-8


Ces probabilités permettent de déterminer le nombre théorique de quadrats par classe d’effectifs (tableau 2) de Lampourdes et de comparer graphiquement la distribution observée à un modèle théorique (figures 2 et 3).
   

hist Lampourdes expected
Figure 2 – Ajustement graphique des données expérimentales à un modèle théorique à valeurs continues (tirets).


________________________________________________________________

Classes d'effectifs

21-40

41-60

61-80

81-100

101-120

121-140

141-160

161-180

181-200

Fréquences observées

2

3

10

9

4

7

2

2

1

Fréquences calculées

1

5

9

9

7

5

3

1

1

Tableau 2 – Nombres de quadrats observés et théoriques par classes d’effectifs de plantes.

  

 

  hist Lampourdes expected 2
Figure 3 – Ajustement graphique des données expérimentales au modèle théorique à valeurs discretes.

 


Enfin, de manière plus rigoureuse, on vérifie que les fréquences (nombre de quadrats par classe) observées et théoriques peuvent être considérées comme égales. Pour un test de Chi-2 on calcule alors la statistique
 

 Chi 2     (Oi: fréquence observée, Ci: fréquence théorique ; pour la classe i)


qui suit une loi de Chi-2 à 3 degrés de libertés (ddl). 
En effet, on procède d’abord à un regroupement des valeurs théoriques inférieures à 5 et on obtient au total 6 couples de valeurs. Dans ces conditions, le Chi-2 observé est χ2 = 4,04. Par ailleurs, étant donné que 2 paramètres ont été calculés, on a (6-2-1 = 3 ddl) et le quantile de Chi-2 théorique est qchi2(0,95 ; 3) = 7,82. Comme 4,04 < 7,82, on accepte l’hypothèse selon laquelle les données observées ne sont pas significativement différentes de celles du modèle binomial négatif BN(96.5 ; 7.48) car sous cette hypothèse, la probabilité d’obtenir χ2 = 4,04 est pchi2(4.04 ; 3) = 0,743 ; soit plus de 7 chances sur 10.
Le modèle descriptif retenu "colle" donc bien aux observations de terrain.


On a donc là une confirmation statistique rigoureuse du mode de dispersion (en agrégats) de la Lampourde glouteron sur la zone des relevés à forte densité. On peut alors réfléchir à une explication écologique de la répartition spatiale ainsi confirmée : effets d’hétérogénéité dans l’humidité ou la texture du sol, mode de dispersion des graines, effet du régime des eaux du lac dans le brassage du pool de graines, compétition intra spécifique, ...

 


Lampourde 1

  Xanthium strumarium

 

 

 

 

Partager cet article
Repost0
28 septembre 2010 2 28 /09 /septembre /2010 23:16

 Prairie de fauche_1 Pré de fauche

 

 

Dans un petit pré fauché de Saint-Philippe-Du-Seignal (33220) on veut évaluer le degré de diversité spécifique de la flore herbacée dicotylédone.

On commence donc par réaliser un inventaire des principales espèces présentes (tableau 1). Il est certain que des espèces rares n’ont pas été détectées car l’objectif de cette étude n’est pas d’être exhaustif, mais de présenter une application simple de la mesure de biodiversité sur un site.

 

N° ordre : S

   Nom scientifique

  Nom vernaculaire

1

Cirsium arvense

 Chardon des champs

2

Plantago lanceolata

 Plantain lancéolé

3

Convolvulus arvensis

 Liseron des champs

4

Hypochoeris radicata

 Porcelle enracinée

5

Trifolium pratense

 Trèfle violet

6

Potentilla reptans

 Potentille rampante

7

Centaurea nigra

 Centaurée noire

8

Achillea millefolium

 Achillée millefeuille

Tableau 1 – Liste des espèces dicotylédones herbacées inventoriées.

 

On peut en déduire d’emblée l’indice de Richesse Spécifique qui correspond au nombre d’espèces présentes, soit S = 8.

 

Cependant, cet indice ne dit rien sur l’importance relative de chaque espèce sur le site. On réalise donc un relevé d’Abondance – Dominance (tableau 2) sur une zone homogène à l’aide de la moyenne de quatre quadrats de 0,25 m2 (pour plus de précision on pourrait augmenter le nombre de quadrats ou leur taille).

 

Nom scientifique

Abondance

Dominance

Cirsium arvense

1

Plantago lanceolata

3

Convolvulus arvensis

2

Hypochoeris radicata

2

Trifolium pratense

2

Potentilla reptans

1

Centaurea nigra

3

Achillea millefolium

3

Tableau 2 – Coefficients d’Abondance-Dominance de Braun – Blanquet.

 

On voit d’après ce tableau que certaines espèces sont peu abondantes ou présentent un recouvrement inférieur à 5% (Cirsium arvense, …), alors que d’autres présentent un recouvrement bien plus important, compris entre 25 et 50 % de la surface étudiée (Achillea millefolium, …).

 

Cependant, en plus de la « dominance » observée, on peut être intéressé de savoir d’une part, si toutes les espèces présentent des effectifs similaires, autrement – dit, si le nombre total de plantes comptées est équitablement réparti entre les différentes espèces et d’autre part, comment quantifier globalement la biodiversité du site.

 

Ainsi, la diversité globale de la flore herbacée dicotylédone de cette parcelle peut être évaluée grâce aux Indices de Diversité de Simpson, de Shannon – Weaver ou encore de Gleason.

      On peut préparer dans un tableau les données nécessaires aux calculs (tableau 3),

 

Nom scientifique

Nombre de

plantes

Proportion

(Pi)

Carré

(Pi)2

-Pi.log2(Pi)

Cirsium arvense

4

0,028

0,00078

0,14443602

Plantago lanceolata

62

0,434

0,18835

0,52263714

Convolvulus arvensis

17

0,119

0,01416

0,36544502

Hypochoeris radicata

38

0,266

0,07076

0,50819349

Trifolium pratense

8

0,056

0,00314

0,23287204

Potentilla reptans

2

0,014

0,00020

0,08621801

Centaurea nigra

2

0,014

0,00020

0,08621801

Achillea millefolium

10

0,069

0,00476

0,26615093

Total :

143

1

0,28235

2,21217067

Tableau 3 – Données nécessaires aux calculs d’indices de diversité. Le contenu de la colonne "Nombre de plantes" pourrait également provenir d'une transformation des coefficients d'abondance-dominance.

 

     et choisir en fonction de ses objectifs


L’indice de Gleason
 
formule5

   soit G = (8-1) / log2(4) = 3,5

 


ou

L’indice de Simpson


formule4

 

soit Dsi = 1 – 0,28235 = 0,72

 

 

ou  encore

L’indice de Shannon – Weaver

 

formule3

 
soit
H = 2,21

 

          

 

Personnellement, je choisis le dernier

 

La diversité maximale de Shannon – Weaver est

 

Hmax
   soit Hmax = log2(8) = 3

 


Et l’Indice de régularité est

 

 Regularité 

  soit R = H / Hmax = 0,74

 

 

Ainsi la Biodiversité sur ce site est moyenne, au regard de l’indice de Shannon – Weaver et la régularité est plutôt bonne (représentation numérique des différents taxons).

 

Pour finir, il est important de se rappeler que ces indices n’ont vraiment de sens que lorsqu’ils permettent de comparer différents sites ou un même site à différentes périodes.

 

 

  CentauréeCentaurée noire 

 

 

 

Partager cet article
Repost0